Отец Деку не пропал, он просто работает вдали от дома — что обычное дело в аниме (не уверен насчет настоящей Японии).

Есть много сериалов, в которых родители персонажей будут какое-то время работать за границей или далеко от дома.

Из 11 тома омаке

Я уверен, что он знает, где его отец, но его родители не являются ОГРОМНОЙ частью истории. Он жил с матерью, и ее тоже не было.