Как указано в других ответах, Нагато не может деактивировать Риннеган, потому что он ему не принадлежит. Это правило применимо ко всем, у кого пересажены глаза, другим известным примером является Какаши.

Глаз постоянно активирован, поэтому ему приходится прикрывать его, чтобы он оставался в спящем состоянии, что предполагает, что простое наблюдение через него стимулирует использование чакры.

Мадара продемонстрировал способность включать и выключать свой Риннеган, что показано в манге, когда он помещал Райкаге под гендзюцу с помощью Мангекё.

Единственное, что до сих пор остается необъяснимым, это то, почему Саске, похоже, не деактивирует свой Риннеган.

Как уже говорилось, имплантация чужих глаз сохранит активность глаза, как показано на примере Нагато и Какаши, но Риннеган Саске принадлежит ему.

Единственная идея, которую я должен объяснить, заключается в том, что его шеститомоэ Риннеган не является трансформацией, вызванной чакрой, как Шаринган, Мангекью или Мадарас Риннеган.

Одна из правдоподобных идей заключается в том, что его шеститомоэ Риннеган в буквальном смысле слова выглядит так, как сейчас выглядит его глаз. Он не направляет в него чакру, чтобы «активировать» или поддерживать его активность, это его настоящий глаз. Если бы он полностью расслабил свою чакру и прекратил использовать все техники, Риннеган остался бы.

Почему глаз Саске мутировал до такой степени, остается загадкой.